Mark W. Jackwood, PhD

Le Dr Mark Jackwood est conseiller technique principal chez Ceva Santé Animale aux États-Unis. Il a précédemment occupé le poste de chef du département de santé des populations au Collège de médecine vétérinaire, au sein du Poultry Diagnostic and Research Center de l’Université de Géorgie, à Athens (Géorgie), jusqu’à sa retraite en septembre 2022. Le Dr Jackwood est virologue moléculaire. Ses travaux portent principalement sur les virus respiratoires aviaires, en particulier le virus de la bronchite infectieuse (IBV), un coronavirus aviaire. Il a publié de nombreux travaux sur l’utilisation des techniques moléculaires pour l’identification, la caractérisation et le contrôle de ce virus. Ses recherches portent également sur la diversité génétique, les taux de mutation et les tendances évolutives des coronavirus, afin de mieux comprendre les mécanismes pouvant mener à l’émergence de nouveaux virus capables d’infecter les animaux et les humains.

Marco-Aurelio Lopes

Le Dr Marco Aurelio Lopes est directeur corporatif – volaille chez Ceva Santé Animale, responsable des solutions liées à la maladie de Gumboro (IBD) et à la bronchite infectieuse (IB), basé en France. Il est diplômé en médecine vétérinaire de l’Université de São Paulo et détient une maîtrise en pathologie aviaire. Le Dr Lopes possède une vaste expérience en production avicole, notamment dans les secteurs des poulets de chair, des reproducteurs, des grands-parentaux (GP), des couvoirs et des abattoirs.

La bronchite infectieuse aviaire est une maladie des voies respiratoires supérieures très contagieuse chez les poulets. Décrite pour la première fois en 1931 aux États-Unis, elle est aujourd’hui présente à l’échelle mondiale et entraîne chaque année des pertes économiques importantes pour l’industrie avicole. Cette maladie est causée par le virus de la bronchite infectieuse (IBV), un gammacoronavirus capable d’affecter le système respiratoire, urinaire et reproducteur. Les manifestations varient selon le tropisme tissulaire de la souche virale en cause.

Types de virus IBV

La glycoprotéine de spicule, située à la surface de la particule virale, est composée des sous-unités S1 et S2. La sous-unité S1 correspond à la portion distale du spicule et est spécifique à chaque type de virus IBV. Le spicule joue un rôle essentiel dans la fixation et l’entrée du virus dans la cellule hôte. La réponse immunitaire dirigée contre l’infection cible principalement cette structure. On observe une grande diversité de virus IBV à l’échelle mondiale, ainsi qu’un nombre important de variants issus de mutations du gène codant pour la protéine de spicule.

La période d’incubation du virus IBV est courte, soit de 1 à 3 jours. Les poulets de tous âges sont sensibles à l’infection, et le taux de morbidité peut atteindre 100 % en raison du caractère hautement contagieux du virus. La mortalité varie selon la présence et la gravité des infections secondaires. La maladie est généralement plus sévère chez les poussins et les oiseaux âgés de moins de 3 à 4 semaines. Les signes cliniques incluent :

• larmoiement
• halètement;
• toux;
• présence de mucus dans les narines et la trachée
• râles trachéaux.

Lorsque les reins sont atteints, des rougeurs sont fréquemment observées. Chez les poules, on note une diminution de la production d’œufs, accompagnée d’œufs déformés et de coquilles ridées. Une infertilité peut également être observée chez les mâles reproducteurs. Lorsque les poussins femelles sont infectés au cours des deux premières semaines de vie, des lésions de l’oviducte immature peuvent survenir et mener au syndrome de fausse pondeuse.

Le virus IBV se transmet des oiseaux infectés aux oiseaux sensibles principalement par aérosols, par les voies oculaire et nasale, et dans une moindre mesure par voie fécale-orale. La propagation au sein d’un bâtiment d’élevage est très rapide. Un rapport a estimé que le R₀ du virus IBV, c’est-à-dire le nombre moyen d’oiseaux qu’un poulet infecté peut contaminer, est d’environ 19 (de Wit et coll., 1998). La similitude des signes cliniques avec d’autres maladies des voies respiratoires supérieures de la volaille, combinée à la rapidité de propagation, rend le diagnostic de la bronchite infectieuse essentiel dans toute stratégie de contrôle.

Impact économique de l’IBV

Les infections par le virus IBV entraînent des pertes importantes, tant en élevage qu’à l’abattoir. En élevage, les pertes se traduisent notamment par :

• une croissance inégale;
• une moins bonne conversion alimentaire;
• un délai plus long pour atteindre le poids de marché;
• une augmentation de la mortalité;
• des coûts liés aux traitements des infections bactériennes opportunistes secondaires;
• une baisse de la production et de la qualité des œufs;
• une diminution de la fertilité chez les mâles reproducteurs;

À l’abattoir, les pertes incluent des condamnations partielles ou totales des carcasses et un ralentissement de la cadence de la chaîne de transformation, entraînant des pertes économiques.

Diagnostic

La sérologie, l’isolement du virus, le test d’inhibition de l’hémagglutination et la neutralisation virale ont longtemps été utilisés pour identifier et caractériser le virus IBV. Ces méthodes demeurent pertinentes dans certains cas. Aujourd’hui, des techniques de biologie moléculaire, plus sensibles et rapides, sont largement utilisées pour détecter le virus directement à partir d’échantillons cliniques. Des tests de RT-qPCR (réaction en chaîne quantitative de la polymérase après transcription inverse) en temps réel, spécifiques à certains types, ont été développés pour les types d’IBV les plus fréquents à l’échelle mondiale, y compris les souches vaccinales (Mo et coll., Journal of Virological Methods, 276, 2020, 113773). Cependant, ces tests ne permettent pas de distinguer les souches vaccinales des souches de terrain appartenant au même type ni d’identifier les types d’IBV qui ne sont pas ciblés par ces analyses. C’est pourquoi le séquençage du gène S1 est utilisé pour obtenir une identification plus précise des types d’IBV. L’analyse de la séquence du gène S1 permet de regrouper les virus en clades et de suivre l’évolution naturelle des souches d’IBV.

Évolution globale des souches d’IBV

Le virus IBV se présente sous de nombreux variants antigéniques. Ces variants ont été caractérisés :

• en sérotypes, à partir de tests de neutralisation virale in vitro;
• en génotypes, selon la séquence de la glycoprotéine S1;
• en protectotypes, à partir d’études d’infection expérimentale après vaccination chez le poulet.

En 2016, le virus a été classé en 6 génotypes comprenant 32 lignées distinctes (Valastro et coll., Infection, Genetics and Evolution, 39:349–364, 2016). Depuis, plusieurs autres génotypes et lignées ont été décrits.

Les coronavirus, dont l’IBV, évoluent principalement par dérive génique, soit l’accumulation progressive de mutations dans le génome viral au fil du temps. Plus rarement, ils évoluent par recombinaison génétique, c’est-à-dire l’échange de matériel génétique entre deux types différents d’IBV (Jackwood et al., Infection, Genetics and Evolution, 12:1305–1311, 2012). La variation antigénique et l’émergence de nouveaux variants d’IBV surviennent lorsque des mutations se fixent dans le gène codant pour la glycoprotéine de spicule. Ce processus se produit lors de la réplication du virus chez l’hôte, ce qui souligne l’importance de limiter la réplication et la transmission virales, notamment par la vaccination lorsque cela est possible.

Vaccination contre le virus IBV

Le contrôle du virus IBV repose sur la vaccination, qui fait appel à des vaccins vivants atténués et à des vaccins inactivés. Les vaccins vivants sont des souches atténuées du virus, généralement administrées par pulvérisation ou par gel dès l’âge d’un jour. Ils stimulent principalement l’immunité locale des voies respiratoires supérieures. Un rappel avec un vaccin vivant peut être administré vers l’âge de 14 jours, notamment dans les régions où la pression d’infection est élevée ou lorsque plusieurs types d’IBV circulent. Les vaccins inactivés, généralement adjuvés à l’huile, sont administrés individuellement, le plus souvent par injection sous-cutanée ou intramusculaire. Ils sont utilisés comme vaccins de rappel chez les oiseaux à longue durée de vie (pondeuses et reproductrices), et permettent également le transfert d’anticorps maternels à la descendance. Ces vaccins sont habituellement administrés à plusieurs reprises durant la phase d’élevage des poules et sont disponibles sous forme de vaccins combinés pouvant inclure d’autres agents pathogènes aviaires (p. ex., NDV, IBDV).

Lors de l’utilisation de vaccins vivants atténués, il est important de vérifier que ceux-ci sont adéquatement administrés. L’entreposage et la manipulation des vaccins exigent une grande rigueur, car le virus enveloppé est très sensible à la chaleur, aux désinfectants, aux contaminants présents dans l’eau ou le gel, ainsi qu’aux dommages mécaniques liés à un équipement inadéquat. Il est fortement recommandé d’intégrer la confirmation de la prise vaccinale au programme de contrôle de la qualité. Pour la vaccination contre l’IBV, la confirmation de la prise vaccinale repose sur le prélèvement d’au moins 15 échantillons choanaux, de 5 à 7 jours après la vaccination, dans chaque emplacement, suivi de la détection du virus vaccinal par RT-qPCR ciblée. Les prélèvements choanaux peuvent être effectués sans nuire aux poussins. Une prise vaccinale adéquate se traduit par une proportion de 85 % à 100 % d’échantillons positifs, tous types de vaccins IBV confondus (voir tableau 1).

Tableau 1. Prise vaccinale mesurée 7 jours après la vaccination chez des poussins vaccinés à l’âge d’un jour avec les souches Mass et Bron. Valeurs de Ct obtenues par RT-qPCR en temps réel pour des analyses ciblant une région génomique conservée de l’IBV (5’UTR) ainsi que des régions propres aux souches vaccinales Mass et IBron.

Compte tenu de l’évolution constante des souches d’IBV et de la nécessité de protéger les populations avicoles sensibles, l’objectif est d’utiliser des vaccins capables d’offrir une protection élevée contre les virus en circulation. Toutefois, en raison du grand nombre de types d’IBV, il est extrêmement difficile, voire pratiquement impossible, de développer un vaccin ciblé pour chacun des types présents. De plus, le développement et l’homologation d’un vaccin sont des processus longs, pouvant s’échelonner sur 3 à 5 ans. Entre-temps, les types viraux ciblés peuvent avoir évolué ou ne plus être présents.

Il est néanmoins possible de combiner des vaccins contre l’IBV présentant des profils antigéniques différents afin d’obtenir un effet synergique et d’élargir la protection. Il a ainsi été démontré que l’association de souches différentes sur le plan antigénique, comme une souche du groupe 793B et une souche de type Mass, agit en synergie et permet d’élargir le spectre de protection comparativement à l’utilisation de ces vaccins séparément (Cook et coll., Avian Pathology, 28:477–485, 1999). De plus, il a été démontré que les poulets peuvent développer une réponse immunitaire protectrice après l’administration simultanée d’un maximum de quatre types de vaccins (Jackwood et coll., Avian Pathology, 49:335–341, 2020). Ainsi, une stratégie efficace de contrôle de l’IBV repose sur l’utilisation combinée de vaccins permettant d’assurer une protection à large spectre contre les souches actuellement en circulation, ainsi que contre celles susceptibles d’émerger.

Étant donné le caractère hautement contagieux du virus IBV, la vaccination joue un rôle central dans le contrôle de la maladie. Cependant, les mesures de biosécurité et les pratiques de gestion conformes aux normes reconnues de l’industrie avicole contribuent également de façon importante à la maîtrise de l’IBV chez les poulets. Les systèmes de production appliquant le principe du « all-in, all-out » (renouvellement complet des lots), combiné à un vide sanitaire adéquat entre les lots, ainsi qu’au nettoyage et à la désinfection des installations, de l’équipement et des véhicules de transport, permettent de réduire la présence du virus dans l’environnement. Les élevages multiâges sont particulièrement difficiles à gérer, puisque les oiseaux plus âgés peuvent constituer une source d’infection pour les plus jeunes. Lorsque possible, les groupes d’âge devraient donc être séparés. Comme la maladie est d’origine virale, il n’existe aucun traitement. Les antibiotiques peuvent toutefois être utilisés pour atténuer les effets des infections bactériennes secondaires. Ainsi, une stratégie efficace repose sur une biosécurité rigoureuse et la mise en place d’un programme de vaccination adapté.

Le virus IBV, un coronavirus aviaire, est hautement contagieux et entraîne des pertes économiques importantes pour l’industrie avicole. Il peut affecter les systèmes respiratoire, urinaire et reproducteur des poulets, en fonction du tropisme tissulaire. Comme tous les coronavirus, l’IBV évolue rapidement. Son taux de mutation élevé favorise l’émergence de nombreuses souches et variants antigéniques. La vaccination demeure essentielle pour le contrôle de la maladie. Toutefois, couvrir individuellement tous les types d’IBV n’est pas réaliste en pratique. L’utilisation combinée de deux types de vaccins ou plus permet généralement d’élargir le spectre de protection. Il est donc crucial d’identifier les vaccins, ou les combinaisons de vaccins, efficaces contre les souches en circulation dans une région donnée. Les tests diagnostiques moléculaires jouent un rôle central pour détecter précisément les virus présents.

À l’échelle mondiale, les efforts continus pour caractériser les isolats issus des élevages de poulets de chair, de pondeuses et de reproducteurs permettent de cartographier la répartition géographique des nombreuses souches d’IBV. Les avancées constantes de ces méthodes, à la fois sensibles et spécifiques, permettent aux vétérinaires avicoles de mieux comprendre l’évolution du virus IBV dans différentes régions du monde et d’identifier les nombreuses souches et variants en circulation. Au fil du temps, certaines souches disparaissent rapidement, tandis que d’autres persistent et se propagent vers de nouvelles régions, où elles peuvent causer des maladies. Ce phénomène demeure difficile à expliquer, ce qui complique le contrôle de la maladie. Aujourd’hui, des outils diagnostiques de pointe et des techniques moléculaires innovantes permettent de soutenir le développement de nouveaux vaccins.